Jakub Trefný prožil stejný počátek kariéry jako Martin Szakal. Stejně jako on je odchovancem lounského hokeje, ačkoliv s hokejem začínal v Nymburce. Od žáků až po dorost potom působil v Chomutově a následně odešel do Litvínova. „Tuším, že v osmé třídě jsme s Chomutovem vyhráli žákovskou ligu a já se dostal do severočeského výběru, tam si mě vybral Litvínov a chtěl, abych za něj hrál,“ vypráví svou životní cestu.

Díky tomuto rozhodnutí slavil důrazný obránce dvakrát titul extraligového dorosteneckého mistra v sezonách 1996/1997 a 1997/1998. V dresu chemiků nastoupil k jedinému utkání v domácí nejvyšší soutěži, což se stalo v sezóně 2001/2002. Více šancí již zodpovědný obránce nedostal, přestože již byl mezi seniory otrkaný, neboť rok před tím působil v Chomutově, kde si zahrál i baráž proti Karlovým Varům.

Vzrůstem malý bek zaznamenal svůj první gól v dresu Chomutova 20. 12. 2000 doma proti Písku. Že je Jakub Trefný svátečním střelcem dokazují i jeho vlastní slova po jediném přesném zásahu v sezoně 2002/2003: „Při tréninku jsem byl šestkrát za sebou dřevák na nájezdy, tak už jsem to díky tomu trochu vypiloval,” řekl tehdy s úsměvem. Bodově nejbohatší sezonu prozatím prožil nekompromisní obránce během ročníku 2008/2009, kdy konto soupeřů zatížil osmnácti body.

Ještě úspěšnější byl v jeho podání prvoligový ročníku 2015/2016, kdy v dresu Kadaně zaznamenal 26 bodů. To už měl na kontě i premiérovou trefu mezi tuzemskou elitou, kde po Litvínovu dostal šanci také v Karlových Varech a Chomutově. Jediný extraligový bod si Jakub Trefný připsal 17. listopadu 2013, kdy se trefil do sítě Pardubic, ale porážce jeho gól nezabránil.

Statistiky

Sezóna  Klub                                     Z  G  A   B  TM
1999-00 HC Chemopetrol Litvínov - jun. (E)      32  3  2   5  64
        HC Chemopetrol Litvínov - jun. (E, p-o)  5  1  0   1   6
2000-01 KLH Chomutov (1. liga)                  14  1  1   2  12
        KLH Chomutov (1. liga, p-o)              4  0  1   1   4
        KLH Chomutov (baráž)                     6  0  1   1  12
        HC Chemopetrol Litvínov - jun. (E)      41  3  4   7 105
2001-02 HC Chemopetrol Litvínov (E)              1  0  0   0   0
        KLH Chomutov (1. liga)                  25  0  2   2  16
        KLH Chomutov (1. liga, p-o)              7  0  0   0  10
        HC Slovan Louny (2. liga)                5  0  0   0  12
2002-03 KLH Chomutov (1. liga)                  35  1  6   7  40   
        KLH Chomutov (1. liga, p-o)              7  0  0   0   6      
2003-04 KLH Chomutov (1. liga)                  31  3  3   6  88   
        KLH Chomutov (1. liga, p-o)              9  0  4   4  35
        SK HC Baník Most (2. liga)               7  1  3   4  18
2004-05 KLH Chomutov (1. liga)                  47  3  7  10  42
        KLH Chomutov (1. liga, p-o)              9  1  0   1  39
2005-06 KLH Chomutov (1. liga)                  49  1  6   7  82
        KLH Chomutov (1. liga, p-o)              4  0  0   0   6
2006-07 KLH Chomutov (1. liga)                  52  4  9  13 115
        KLH Chomutov (1. liga, p-o)             13  0  2   2  22
2007-08 KLH Chomutov (THC)                       5  2  1   3  12
        KLH Chomutov (1. liga)                  39  2 14  16  99
        KLH Chomutov (1. liga, p-o)             15  3  3   6  12
2008-09 KLH Chomutov (THC)                       4  0  0   0   8
        KLH Chomutov (1. liga)                  45  4 13  17  55
        KLH Chomutov (1. liga, p-o)             11  0  1   1  18
2009-10 KLH Chomutov (THC)                       3  0  1   1   6
        KLH Chomutov (1. liga)                  34  2 10  12  18
        KLH Chomutov (1. liga, p-o)             16  0  4   4  12
        KLH Chomutov (baráž)                     5  0  1   1   4
2010-11 HC Energie Karlovy Vary (E)              1  0  0   0   0
        HC Energie Karlovy Vary (E, p-o)         5  0  0   0  25
        SK Kadaň (1. liga)                      34  2  6   8  76
        SK Kadaň (1. liga, p-o)                  4  0  2   2   4
2011-12 SK Kadaň (1. liga)                      39  0  6   6  30
        SK Kadaň (1. liga, p-out)                8  1  2   3   2
2012-13 Piráti Chomutov (E)                      9  0  0   0   0
        Piráti Chomutov (E, p-out)               2  0  0   0   2
        Piráti Chomutov (baráž)                 12  0  0   0   6
        SK Kadaň (1. liga)                      43  2  1   3  38
        SK Kadaň (1. liga, p-o)                  2  0  1   1  29
2013-14 Piráti Chomutov (E)                     18  1  0   0  18
        SK Kadaň (1. liga)                      30  1 11  12  61
        SK Kadaň (1. liga, p-out)                6  1  5   6  12
2014-15 SK Kadaň (1. liga)                      52  4 14  18  54
        SK Kadaň (1. liga, p-o)                  4  0  0   0  14
2015-16 Piráti Chomutov (E)                      5  0  0   0   0
        Piráti Chomutov (E, p-o)                 2  0  0   0   0
        SK Kadaň (WSM Liga)                     48  5 20  25  76
        SK Kadaň (WSM Liga, p-o)                 4  0  1   1   8
2016-17 Piráti Chomutov (E, p-o)                 1  0  0   0   0
        SK Kadaň (WSM Liga)                     52  3 17  20  60
        SK Kadaň (WSM Liga, p-out)               6  1  3   4  16
2017-18 Piráti Chomutov (E, p-out)               5  0  0   0   2
        SK Kadaň (WSM Liga)                     51  6 14  20  84
2018-19 Piráti Chomutov (E)                     29  1  0   1   8
        Piráti Chomutov (baráž)                  8  0  1   1  14
        SK Trhači Kadaň (Chance liga)           19  4  4   8  14
Celkem za Chomutov                             567 27 89 116 793
Celkem v extralize                              78  2  0   2  55