Kadaňský rodák poznával vrcholný mládežnický hokej v Kladně, odkud se v létě 2009 vrátil na sever Čech a začal působit v Chomutově. Dva roky patřil věkem do kategorie staršího dorostu, ovšem sbíral už první zkušenosti také v juniorském týmu.

Když už věkem spadal do nejstarší mládežnické kategorie, přišel první velký úspěch. Chomutovský klub se přestěhoval do SD ARÉNY, přejmenoval se na Piráty a junioři hned v premiérovém ročníku v novém prostředí vybojovali historický titul, k němuž pomohl také Jan Hammerbauer.

Ten si o sezonu později začal zvykat v rodné Kadani také na seniorský hokej, během sezony 2013/2014 pak Jan Hammerbauer debutoval také v Tipsport extralize. Stalo se tak 2. února 2014 v rámci 45. kola doma se Slavií Praha a mladý forvard si hned připsal první asistenci na úvodní gól Ondřeje Kašeho. V závěru sezony 2013/2014 pak patřil k oporám juniorského týmu, který podruhé v historii klubu dokráčel až k mistrovskému titulu. Jan Hammerbauer se tak společně ještě se dvěma dalšími hráči podílel na obou prvenstvích Pirátů v Noen extralize juniorů.

Statistiky

Sezóna   Klub                            Z   G  A   B  TM
2007-08 HC Kladno - dor. (E)             2  0  0   0   0 
2008-09 HC Kladno - dor. (E)            45 11 17  28  20
        HC Kladno - dor. (E,p-o)         5  0  0   0   2 
2009-10 KLH Chomutov - jun. (E)          6  0  2   2   2
        KLH Chomutov - SD (E)           36 17 17  34  34
2010-11 KLH Chomutov - jun. (E)         14  0  3   3   0
        KLH Chomutov - SD (E)           31 15 20  35  14
2011-12 Piráti Chomutov - jun. (E)      34  5  9  14  20
        Piráti Chomutov - jun. (E,p-o)   5  0  2   2   0
2012-13 SK Kadaň (1. liga)              13  0  1   1   2
        Piráti Chomutov - jun. (E)      28 11 23  34  14
2013-14 Piráti Chomutov (E)              1  0  1   1   0
        SK Kadaň (1.liga)               46  3  4   7  12
        SK Kadaň (1.liga, p-out)         8  0  0   0   4
        Piráti Chomutov - jun. (E)       3  2  2   4   0
        Piráti Chomutov - jun. (E, p-o) 10  5  3   8   0
Celkem za Chomutov                       1  0  1   1   0
Celkem v extralize                       1  0  1   1   0

Reprezentace: 
2008-09  Česká republika U16            1  0  0   0   0
2012-13  Česká republika U20            3  0  0   0   0