Stále ještě devětadvacetiletý rodák z Dubnice nad Váhom naskočil do slovenské extraligy v barvách Martinu, odkud se v létě 2004 přesunul do Liptovského Mikuláše. V podhůří Vysokých Tater strávil téměř čtyři sezony, než na závěr ročníku 2007/2008 posílil Ústecké Lvy, jimž však k záchraně v nejvyšší soutěži nepomohl.
Na čas se pak Marek Hovorka vrátil ještě na Slovensko, kde nastupoval za Martin a Dolný Kubín, ovšem v závěru sezony 2008/2009 se definitivně přesunul do českých soutěží. S Ústeckými Lvy se ještě dvakrát pokoušel o návrat mezi tuzemskou elitu, než se v průběhu ročníku 2010/2011 přesunul do Kladna.
V dresu Rytířů zažil velmi povedený následující ročník, během nějž čtrnáctkrát skóroval a přidal 18 asistencí, což jej katapultoval až na zmíněné mistrovství světa ve Švédsku a Finsku, kde Slováci v semifinále vyřadili český tým.
Svými výkony si Marek Hovorka řekl o angažmá v pražské Spartě, odkud v předešlé sezoně hostoval v Karlových Varech. V nejvyšší soutěži se v barvách Energie a celku z Holešovic podílel asistencí na třech gólech v síti Pirátů. Mezi tuzemskou elitou oblékl zkušený slovenský útočník ještě dvakrát dres Mladé Boleslavi a na kontě má dohromady 194 startů, 40 přesných zásahů a 52 asistencí.
Sezóna Klub Z G A B TM 2003-04 MHC Martin (SVK1) 48 5 8 13 16 2004-05 MHK 32 Liptovský Mikuláš (SVK1) 54 6 6 12 16 2005-06 MHK 32 Liptovský Mikuláš (SVK1) 52 8 5 13 28 2006-07 MHK 32 Liptovský Mikuláš (SVK1) 53 11 26 37 76 2007-08 MHK 32 Liptovský Mikuláš (SVK1) 43 9 12 21 54 HC Slovan Ústečtí Lvi (E) 4 0 0 0 0 HC Slovan Ústečtí Lvi (E,p-out) 12 2 1 3 2 HC Slovan Ústečtí Lvi (E,baráž) 4 3 0 3 6 2008-09 MHC Martin (SVK1) 31 5 6 11 51 HC Slovan Ústečtí Lvi (1.liga) 12 5 4 9 8 HC Slovan Ústečtí Lvi (1.liga,p-o) 17 3 4 7 35 HC Slovan Ústečtí Lvi (E,baráž) 4 0 0 0 2 2009-10 BK Mladá Boleslav (E) 2 0 0 0 0 HC Slovan Ústečtí Lvi (1.liga) 26 6 7 13 22 HC Slovan Ústečtí Lvi (1.liga,p-o) 14 2 11 13 92 2010-11 HC Vagnerplast Kladno (E) 13 1 1 2 2 HC Vagnerplast Kladno (E,p-out) 7 3 3 6 2 HC Slovan Ústečtí Lvi (1.liga) 21 3 3 6 22 2001-12 Rytíři Kladno (E) 52 14 18 32 42 Rytíři Kladno (E, p-o) 3 1 0 1 4 2012-13 Rytíři Kladno (E) 12 4 0 4 6 HC Sparta Praha (E) 40 8 13 21 22 HC Sparta Praha (E, p-o) 6 0 1 1 6 2013-14 HC Energie Karlovy Vary (E) 43 7 15 22 46 Celkem v extralize 194 40 52 92 132