Kadaňský rodák poznával vrcholný mládežnický hokej v Kladně, odkud se v létě 2009 vrátil na sever Čech a začal působit v Chomutově. Dva roky patřil věkem do kategorie staršího dorostu, ovšem sbíral už první zkušenosti také v juniorském týmu.
Když už věkem spadal do nejstarší mládežnické kategorie, přišel první velký úspěch. Chomutovský klub se přestěhoval do SD ARÉNY, přejmenoval se na Piráty a junioři hned v premiérovém ročníku v novém prostředí vybojovali historický titul, k němuž pomohl také Jan Hammerbauer.
Ten si o sezonu později začal zvykat v rodné Kadani také na seniorský hokej, během sezony 2013/2014 pak Jan Hammerbauer debutoval také v Tipsport extralize. Stalo se tak 2. února 2014 v rámci 45. kola doma se Slavií Praha a mladý forvard si hned připsal první asistenci na úvodní gól Ondřeje Kašeho. V závěru sezony 2013/2014 pak patřil k oporám juniorského týmu, který podruhé v historii klubu dokráčel až k mistrovskému titulu. Jan Hammerbauer se tak společně ještě se dvěma dalšími hráči podílel na obou prvenstvích Pirátů v Noen extralize juniorů.
Sezóna Klub Z G A B TM 2007-08 HC Kladno - dor. (E) 2 0 0 0 0 2008-09 HC Kladno - dor. (E) 45 11 17 28 20 HC Kladno - dor. (E,p-o) 5 0 0 0 2 2009-10 KLH Chomutov - jun. (E) 6 0 2 2 2 KLH Chomutov - SD (E) 36 17 17 34 34 2010-11 KLH Chomutov - jun. (E) 14 0 3 3 0 KLH Chomutov - SD (E) 31 15 20 35 14 2011-12 Piráti Chomutov - jun. (E) 34 5 9 14 20 Piráti Chomutov - jun. (E,p-o) 5 0 2 2 0 2012-13 SK Kadaň (1. liga) 13 0 1 1 2 Piráti Chomutov - jun. (E) 28 11 23 34 14 2013-14 Piráti Chomutov (E) 1 0 1 1 0 SK Kadaň (1.liga) 46 3 4 7 12 SK Kadaň (1.liga, p-out) 8 0 0 0 4 Piráti Chomutov - jun. (E) 3 2 2 4 0 Piráti Chomutov - jun. (E, p-o) 10 5 3 8 0 Celkem za Chomutov 1 0 1 1 0 Celkem v extralize 1 0 1 1 0 Reprezentace: 2008-09 Česká republika U16 1 0 0 0 0 2012-13 Česká republika U20 3 0 0 0 0